Program REFES jako wydatek związany bezpośrednio z realizacją projektu jest kosztem kwalifikowalnym.

Wytyczne w zakresie kwalifikowania wydatków w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki wskazuje w załączniku nr 1 przykładowe zadanie "zarządzanie projektem", w ramach którego można ująć zakup programu REFES jako "Program kompurerowy do zarządzania i monitoringu projektu".